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Aichi Virus, Norovirus, Astrovirus, Enterovirus, and Rotavirus Involved in Clinical Cases from a French Oyster-Related Gastroenteritis Outbreak ArchiMer
Le Guyader, Soizick; Le Saux, Jean-claude; Ambert-balay, Katia; Krol, Joanna; Serais, Ophelie; Parnaudeau, Sylvain; Giraudon, Helene; Delmas, Gilles; Pommepuy, Monique; Pothier, Pierre; Atmar, Robert L..
Following a flooding event close to a shellfish production lagoon, 205 cases of gastroenteritis were linked to oyster consumption. Twelve stool samples from different individuals were collected. Analysis showed that eight samples were positive for multiple enteric viruses, and one stool sample had seven different enteric viruses. Analysis of shellfish implicated in the outbreak allowed detection of the same diversity of enteric viruses, with some viral genomic sequences being identical to those obtained from stool sample analysis. Shellfish were contaminated by as many as five different enteric viruses. For the first time in Europe, Aichi virus was identified in oyster samples. Shellfish samples collected over 3 weeks following the outbreak showed a...
Tipo: Text
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2008/publication-6099.pdf
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Etude de la qualité microbiologique et chimique des zones de production n°11.21 et 11.12 Sud Zone n°11.21 « Bande Littorale de Port La Nouvelle à la Franqui » et n°11.12 S « Etang de Bages Sigean Sud » ArchiMer
Serais, Ophelie.
Trois points de suivi de tellines ont été échantillonnés de manière irrégulière entre juillet 2006 et décembre 2008, dans le cadre de l’étude de la zone n°11.21 « Bande littorale de Port la Nouvelle à la Franqui », avec le concours du Comité Local des Pêches de Port Vendres et la Prud’homie de Bages-Port la Nouvelle pour la réalisation des prélèvements. Le traitement des données acquises, permet d’estimer en B la qualité microbiologique de la zone n°11.21 pour le groupe 2 selon le règlement (CE) n°854/2004. Les résultats des analyses chimiques sont compatibles avec cette estimation en B de la qualité. Les résultats ne mettent pas en évidence de différence statistiquement significative entre les niveaux de contamination mesurés au niveau des trois points de...
Tipo: Text Palavras-chave: Etude de zone; N°11.12 Sud et n°11.21; Qualité microbiologique estimée; E.coli; Coquillages fouisseurs.
Ano: 2009 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00514/62606/66966.pdf
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Etude des contaminations microbiologiques par temps sec de l'étang de Thau ArchiMer
Serais, Ophelie; Derolez, Valerie; Caprais, Marie-paule.
Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather. Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were...
Tipo: Text Palavras-chave: Etang de Thau; Contamination microbiologique; Contamination aviaire; E. coli; Coquillages.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15337/12689.pdf
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Etude sanitaire de la zone de production conchylicole n°34.09 « Bande littorale de Port Ambonne au feu ouest du brise lames extérieur du port des Quilles ». Partie 1 : Etude de dossier et définition de la stratégie d’échantillonnage ArchiMer
Serais, Ophelie; Lequette, C; Alonso, P.; Amouroux, Isabelle; Laugier, Thierry.
Ce rapport présente les résultats de l’étude de dossier, de l’inspection du littoral et des campagnes de localisation des gisements de tellines réalisés dans le cadre de l’étude sanitaire de la zone de production n°34.09 «Bande littorale de Port Ambonne au feu ouest du Brise Lames extérieur du port des quilles», sous financement de la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), et à maîtrise d’ouvrage de la Direction Départementale des Territoires de la Mer (DDTM). Les principales sources potentielles de pollution de la zone de production n°34.09 semblent être, par ordre de criticité décroissant : le ruissellement pluvial de la ville de Sète, le ruissellement pluvial de Marseillan-Ambonne, le port de Marseillan-Ambonne, les installations en assainissement...
Tipo: Text Palavras-chave: Étude sanitaire; Sources de contamination microbiologique; E. Coli; Bande littorale de Sète à Port-Ambonne; Gisement de tellines.
Ano: 2010 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00514/62603/66962.pdf
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Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2019 ArchiMer
Serais, Ophelie; Cimiterra, Nicolas; Fiandrino, Annie; Crottier, Anais; Grouhel-pellouin, Anne; Piquet, Jean-come.
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2018 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. En 2018, 28 zones de production ont été suivies par le REMI en Occitanie dont 12 dans l’Aude, 14 dans l’Hérault, 1 dans le Gard et 1 interdépartementale Hérault-Gard. Le taux de réalisation de la surveillance régulière microbiologique est de 94,9%, et 116 alertes ont été déclenchées au cours de l’année. La qualité...
Tipo: Text Palavras-chave: REMI; E. Coli; Contamination bactériologique des coquillages; ROCCH; Contaminants chimiques; Milieu marin; Occitanie; Hérault; Gard; Aude; Classement sanitaire des zones de production; Estimation de la qualité; Élevage et pêche de coquillages..
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00502/61320/64892.pdf
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Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Occitanie. Edition 2020 ArchiMer
Serais, Ophelie; Gianaroli, Camille; Cimiterra, Nicolas; Munaron, Dominique; Fiandrino, Annie; Piquet, Jean-come; Rocq, Sophie; Grouhel-pellouin, Anne.
Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique (REMI) et du réseau de surveillance chimique (ROCCH), ce rapport comprend un bilan national et décrit le programme annuel 2019 de la région Occitanie. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones classées de production de coquillages. Jusqu’en mars 2019, 28 zones de production été suivies par le REMI en Occitanie dont 12 dans l’Aude, 14 dans l’Hérault et 1 dans le Gard1 et 1 interdépartementale Hérault-Gard. Suite à la révision de la stratégie REMI en mars 2019, le suivi a été arrêté sur 5 d’entre elles (2 dans l’Aude, 2 dans l’Hérault et la...
Tipo: Text Palavras-chave: REMI; E. Coli; Contamination bactériologique des coquillages; ROCCH; Contaminants chimiques; Milieu marin; Occitanie; Hérault; Gard; Aude; 2019; Évènement pluviométrique; Classement sanitaire des zones de production; Estimation de la qualité; Élevage et pêche de coquillages..
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00631/74282/73892.pdf
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Evidence of the presence of viral shellfish contamination in shellfish after short rainfall events ArchiMer
Le Saux, Jean-claude; Serais, Ophelie; Krol, Joanna; Parnaudeau, Sylvain; Salvagnac, P.; Delmas, G.; Cicchelero, V.; Claudet, J.; Pothier, P.; Balay, K.; Fiandrino, Annie; Pommepuy, Monique; Le Guyader, Soizick.
Infectious diseases linked to the consumption of raw shellfish have long been identified. Over the past century, various strategies have been set up in shellfish growing areas throughout the world to guarantee the sanitary quality of shellfish and to protect consumers. However despite sanitary improvements, human enteric viruses - especially Hepatitis A virus and norovirus– have been found to be associated with shellfish outbreaks. A recent example demonstrated the impact of storm events. Following heavy rain and sewage overflow, shellfish beds were contaminated and the shellfish from them were marketed after depuration. However, since viruses persist longer than fecal contamination indicator bacteria, several clusters of gastroenteritis cases were...
Tipo: Text Palavras-chave: Virus; Shellfish; Contamination events.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00066/17736/15257.pdf
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Impact of meteorogical conditions on the Thau lagoon’s shellfish farming area. Results and discussion ArchiMer
Serais, Ophelie; Amouroux, Isabelle; Derolez, Valerie.
With 750 producers, 2750 tables for breeding, 13 000 tons of oysters and 2 500 tons of mussels marketed every year, the shellfish production of the Thau lagoon represents at least 10 % of the national French production and a direct turnover of 33 millions € (Rey Valette, 2004). The Thau lagoon is a semi-enclosed coastal system sensitive to faecal inputs from the watershed (280 km2). In June 2004, the Autorithies classified the Thau lagoon as a « class B » area, from which live bivalve molluscs can be marketed for human consumption only after depuration. Until then, shellfish used to be collected for direct human consumption. The sanitary monitoring of the Thau lagoon shellfish growing area is conducted by the Ifremer french microbiological monitoring...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12572/9442.pdf
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Impact of weather conditions on Escherichia coli accumulation in oysters of the Thau lagoon (the Mediterranean, France) ArchiMer
Derolez, Valerie; Soudant, Dominique; Fiandrino, Annie; Cesmat, Ludovic; Serais, Ophelie.
Aims The Thau lagoon shellfish are regularly impacted by microbial pollution of faecal origin, which cause European health standards to be exceeded and closure of the shellfish harvest. The aims of this study were to investigate the impact of weather and hydrological conditions on Escherichia coli (E. coli) accumulation factor (AF) between water and oysters and to evaluate the relevance of the use of this ratio for the purpose of sanitary risk assessment. Methods and results Water and oysters (Crassostrea gigas) were sampled simultaneously in situ during 18 months in periods of dry weather and after rainfall events. Shellfish sanitary thresholds were exceeded in both periods. The E. coli AFs measured after rainfall (median = 6) were lower than in dry...
Tipo: Text Palavras-chave: E; Coli; Environmental health; Food safety; Shellfish; Water quality.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00119/23049/22503.pdf
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Investigating an avian source of shellfish faecal contamination in the Thau lagoon (the Mediterranean, France) ArchiMer
Derolez, Valerie; Serais, Ophelie; Caprais, Marie-paule; Le Saux, Jean-claude; Messiaen, Gregory.
Microbes regularly contaminate Thau lagoon shellfish. Between 1997 and 2007, 18% of the analyses carried out in dry weather recorded more than 230 Escherichia coli / 100 g of bivalves (Ifremer French microbial monitoring network), leading the administration to restrict the shellfish harvest area, including suspension of production. This study aims to determine, the contribution of seabirds, which roost at night on the Thau lagoon shellfish growing frames, to shellfish faecal pollution in dry weather.Data were collected in 2008 from both the drainage area (pollution input) and the lagoon (water quality and microbial monitoring, seabird counts) in dry weather. The data showed that, with no watershed input or lagoon resurgence, microbial contaminants were...
Tipo: Text Palavras-chave: Escherichia coli; Origine aviaire; Coquillage; Contamination fécale; Étang de Thau; Oiseau de mer; Bactériophage; Dépistage de la source microbienne; Temps sec; Escherichia coli; Avian source; Shellfish; Faecal contamination; Thau lagoon; Seabird; Bacteriophage; Microbial source tracking; Dry weather.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00025/13593/10659.pdf
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Microbial contamination and management scenarios in a Mediterranean coastal lagoon (Etang de Thau, France): application of a Decision Support System within the Integrated Coastal Zone Management context. ArchiMer
Loubersac, Lionel; Do Chi,; Fiandrino, Annie; Jouan, Mathieu; Derolez, Valerie; Lemsanni, Abdellah; Rey Valette, Hélène; Mathe, Syndhia; Pages,; Mocenni,; Casini,; Paoletti,; Pranzo,; Valette, François; Serais, Ophelie; Laugier, Thierry; Mazouni, Nabila; Vincent,; Got,; Troussellier, Marc.
1 - In the Thau lagoon (Southern Mediterranean Coast) the main anthropogenic pressure is represented by the urban development in the watershed, whilst oyster and mussel farming represents one of the main economical activities in the region. 2 - During the last decade, the increasing organic loads from watershed and urban settlements in the lagoon surroundings have caused a diffuse contamination by faecal bacteria. Also toxic algal blooms have been occurring, impairing water quality with major impacts on shellfish farming, fishery and bathing. 3 - In this study, indicators and scenarios identified for the lagoon have been integrated in a Decision Support System (DSS) to evaluate the best solutions for reducing pressures and improving both water quality and...
Tipo: Text
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00089/20053/17693.pdf
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OBSLAG 2018 - volet eutrophisation. Lagunes méditerranéennes (période 2013-2018). Etat DCE de la colonne d'eau et du phytoplancton, tendance et variabilité des indicateurs ArchiMer
Derolez, Valerie; Bec, Béatrice; Munaron, Dominique; Foucault, Elodie; Fiandrino, Annie; Ouisse, Vincent; Messiaen, Gregory; Hatey, Elise; Connes, Coralie; Soudant, Dominique; Brun, Melanie; Fortune, Martine; Mortreux, Serge; Serais, Ophelie; Crottier, Anais; Malet, Nathalie.
Cette étude est réalisée dans le cadre du projet OBSLAG (OBServatoire des LAGunes) et porte sur les 10 masses d’eau lagunaires méditerranéennes situées à l’aval des cours d’eau suivis depuis 2015 par le « réseau flux » de l'Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse. Le rapport correspond aux actions réalisées en 2018 dans le cadre du volet « eutrophisation » d’OBSLAG, répondant aux objectifs suivants : (1) réaliser un suivi estival en 2018 du phytoplancton et de la physico-chimie de l’eau et évaluer l’état DCE de ces compartiments pour la période 2013-2018 sur les 10 masses d’eau lagunaires du suivi « réseau flux », regroupant 13 lagunes poly-euhalines. Ce suivi permet de renforcer la fréquence des suivis DCE sur la colonne d’eau et le phytoplancton, qui ne...
Tipo: Text Palavras-chave: Directive Cadre sur l’Eau (DCE); Lagunes; Masses d’eau de transition; Eutrophisation; Phytoplancton; Confiance; Précision; Tendance..
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00507/61862/65959.pdf
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OMEGA Thau : outil de management environnemental et de gestion de l'avertissement des pollutions microbiologiques du bassin de Thau ArchiMer
Brocard, Gilles; Derolez, Valerie; Serais, Ophelie; Fiandrino, Annie; Lequette, Camille; Lescoulier, Christophe; Benedetti, Murielle; Couton, Prunelle; Marty, Delphine.
The OMEGA Thau project (Environmental Management Tool and Alert Management), managed by SMBT (Syndicate of Thau Basin), includes scientists, local institutions and authorities, fishermen and shellfish farmers. The aim of this project is to develop an Environmental Management Tool, which can guide local authorities in infrastructure improvements and urban and resource planning in order to achieve optimal water quality that is consistent with European standards for recreational waters and shellfish harvesting areas. The measurement campaigns, achieved simultaneously on the watershed and the lagoon during 18 months, enabled i) data acquisition for the calibration of the model of faecal pollution transfer, from the source to the shellfish harvest areas, ii)...
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15343/12696.pdf
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REPHYTOX Leucate. Mise en forme des résultats sur la période 2014-2020 ArchiMer
Serais, Ophelie; Abadie, Eric; Hubert, Clarisse; Bellamy, Elise; Fiandrino, Annie; Lemoine, Maud; Neaud-masson, Nadine.
Ce rapport a été réalisé à la demande de la Direction Départementale de la Protection des Populations de l’Hérault (DDPP34). Les résultats en toxines lipophiles réglementées (Acide Okadaïque, Dinophysis toxines et Pectenotoxines uniquement) dans les moules et les huîtres prélevées au point « Parc Leucate 2 » dans le cadre du REPHYTOX, ainsi que les dénombrements du phytoplancton toxique du genre Dinophysis réalisés dans le cadre du REPHY dans la lagune de Leucate, sont présentés sur des graphiques permettant une visualisation temporelle des épisodes de contamination entre janvier 2014 et décembre 2020.
Tipo: Text Palavras-chave: REPHYTOX; REPHY; Leucate; Point Parc Leucate 2; Moules; Huîtres; Toxins lipophiles; Dinophysis; Graphiques; Période 2014-2020.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00662/77444/79099.pdf
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Stratégie d’échantillonnage des lieux du REPHY Sanitaire et REPHYTOX pour la région Occitanie ArchiMer
Serais, Ophelie; Caillard, Elise; Abadie, Eric; Fiandrino, Annie.
Cette procédure a pour objet de décrire la stratégie d’échantillonnage des lieux de surveillance du REPHY Sanitaire et REPHYTOX dans la région Occitanie. Les logigrammes, présentés par secteur géographique, indiquent la logique opérationnelle à suivre entre les lieux de surveillance du REPHY et du REPHYTOX dans le cadre de la mise en oeuvre des stratégies de ces réseaux. Ces stratégies sont détaillées dans le document de procédure nationale REPHYTOX (version en vigueur) et plus particulièrement dans le paragraphe « STRATEGIE D'ECHANTILLONNAGE ».
Tipo: Text Palavras-chave: REPHY; REPHYTOX; Réseaux de surveillance; Toxines; Logigrammes; Occitanie.
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00676/78856/81979.pdf
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Synthèse des résultats REMI - Etang de Thau - Période 1997-2006 - OMEGA Thau étape 1 ArchiMer
Serais, Ophelie; Derolez, Valerie; Fiandrino, Annie.
The yearly shellfish harvest on Thau lagoon (75 km2) is about 13 000 tons of oysters and 4 000 tons of mussels, and represents 10% of French shellfish harvest. In the microbiological monitoring network of French shellfish harvest areas, managed by Ifremer, a total of 2 374 shellfish samples were collected on Thau lagoon and analysed (Escherichia coli) on 9 sampling stations between 1997 and 2006. Despite a population increasing rate of 15.6% between 1999 and 2006 on the Thau lagoon watershed, the shellfish faecal contamination level is stable between 1997 and 2006, and corresponds to B sanitary standard, authorizing marketing for human consumption after purification. Though the microbiological quality of the lagoon’s shellfish can episodically be altered...
Tipo: Text Palavras-chave: Lagune de Thau; REMI; E. coli; Épisodes pluvieux; Impact de la pluviométrie; Qualité microbiologique des coquillages en élevage.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15338/12690.pdf
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